作者： tdr-publisher

空间转录组与mIF：按蛋白表型比较RNA差异的分析思路

结合ST-FFPE-mIF的HER2分组案例，说明蛋白表型与空间RNA怎样联合比较，区分细胞组成、同类细胞表达和空间分布差异，并明确独立重复与刺激研究的证据边界。

区分同片、相邻切片与区域级RNA和蛋白联合分析，解读ST-FFPE-mIF的信息增量，提供图像、空间矩阵、坐标和样本设计检查清单。

解读同片HE与mIF研究的40例和34例队列，说明IFM1、Topic 7相关IFM3及组合模型，提供病例、图像指标、随访和验证字段模板。

以Lin等研究的Spatial-LDA Topic 7和8说明相近蛋白特征如何对应不同HE形态，提供区域挑选、原图复核、解释记录和后续比较流程。

区分同片与相邻切片的对应尺度，结合Lin等研究解释未分类细胞、弱蛋白标记和形态复核，并提供分类复核记录模板与配准质控顺序。

按异常现象整理TSA多重染色的对照与核对路径，区分抗体去除、荧光残留、分割问题及组织损伤，明确分轮示例与正式实验协议的边界。

说明循环TSA的染色、成像和数字整合，分别核对抗体/HRP与荧光残留，提供参考轮次、共同参照、局部形变、组织脱落及通道命名质控清单。

说明同一物理切片多轮IHC图像如何经配准、H/DAB提取和数字通道整合形成虚拟mIF，并区分连续切片、区域级比较与同细胞分析的条件和质控边界。

解读773例卵巢癌样本的T细胞空间聚集预印本，区分丰度关联、交互模型条件效应与组合效应，说明像素尺度、取样和患者级统计的解释边界。

比较TLS轮廓最短距离、中心距离与内部细胞平均距离，用教学算例解释分母，并核对200 μm阈值的原文边界、敏感性分析和患者内聚类问题。

从数据输入、单细胞分割、marker定量到空间分析和样本级统计，梳理CODEX图像分析流程，说明质控、交付表结构及软件和项目制服务的选择。

从组织定位、细胞身份、功能状态和空间关系四层评估多重免疫荧光Panel，结合肝癌研究和教学评估表，明确现有marker能回答什么、还缺哪些验证。